'वेदान्तिध्वान्त निवारण' नामक ग्रन्थ भी नवीन वेदान्तियों अथवा अद्वैतवाद के खण्डन में लिखा था। 'वेदान्तिध्वान्त निवारण' की रचना महर्षि ने 'अद्वैतमतखण्डन' के लगभग साढ़े चार वर्ष बाद की थी। 
यह ग्रन्थ मार्गशीर्ष, संवत् १९३१ (सन् १८७४) में लिखा गया होगा, क्योंकि इसकी रचना महर्षि ने अपने प्रथम बम्बई निवास काल में की थी। उनका यह निवास काल कार्तिक कृष्णा १, सं० १९३१ से मार्गशीर्ष कृष्णा १२ (२० अक्तूबर से ५ दिसम्बर १८७४) तक रहा। वैसे इस पुस्तक के प्रथम संस्करण में इसका मुद्रण काल सं० १९३२ वि० (सन् १८७६) छपा हुआ है। इसके अनुसार, नवसंवत्सर चैत्र शुक्ल प्रतिपदा १९३३ (२६ मार्च, सन् १८७६) से पूर्व यह ग्रन्थ छप चुका था। 
इस पुस्तक का प्रथम संस्करण 'ओरिण्यटल प्रेस' बम्बई से छपा था। हाँ, इसका दूसरा व तीसरा संस्करण भी छपा था, जिसमें प्रथम संस्करण की हिन्दी भाषा की अशुद्धियों को दूर करने का प्रत्यन किया गया था। द्वितीय संस्करण श्रावण, संवत् १९३९ में प्रकाशित हुआ। 
यह ग्रन्थ संस्कृत एवं हिन्दी दोनों भाषाओं में था। पं0 देवेन्द्रनाथ जी द्वारा रचित महर्षि के जीवनचरित से इस पुस्तक के लेखन के विषय में दो विशेष बातें प्रकट होती हैं 
१. आश्चर्य की बात है कि अद्वैतवाद के खण्डन विषयक यह पुस्तक महर्षि ने घोर अद्वैतवादी कृष्णराम इच्छाराम जी से लिखवाई। 
२. महर्षि ने इस पुस्तक का लेखन दो ही दिनों में समाप्त भी कर दिया था।